抗营养因子在饲料中的种类有很多，不同的饲料抗营养因子作用不同，而且相同的抗营养因子对不同品种的动物，作用效果也不同，相同的抗营养因子对同种动物的不同品种作用影响程度也存在差异。因此，在实践中，应根据当地的条件和实际情况，采用合适的去除方法，才能取得良好的效果。今后，应对饲料中抗营养因子的化学结构、活性特点、作用机理做定性、定量的研究，以更好地消除饲料中的有毒成分。
消除方法
1.物理方法
⑴加热法加热法分为干热法和湿热法。干热法包括烘烤、微波辐射、红外辐射等;湿热法包括蒸煮、热压、挤压等。加热法效率高，简单易行，无残留问题，成本也较低，但其仅适用于对热不稳定的抗营养因子，对热稳定的抗营养因子如植酸、皂角苷、氰类化合物、低聚糖类等效果不佳。在加热过程中，加热不足则不能完全消除抗营养因子，而加热过度则会破坏其中的精氨酸、赖氨酸和某些含硫氨基酸，在生产中不可取。
⑵机械加工方法包括粉碎、去皮等。大多数抗营养因子集中在植物的某一特定位置，通过机械加工可消除，减轻其抗营养作用。例如，高粱、蚕豆，除去外皮即可除去籽实中的大部分单宁。
⑶水浸泡法某些抗营养因子易溶于水，可以利用这一性质将其除去。如用水浸泡，可除去可溶性NSP。但水浸泡后必须烘干，且成本比较高，生产中不方便。
2.化学方法
包括酸碱处理法、氨处理法以及添加特殊物质的处理方法等。这些方法可去除饲料中部分的抗营养因子。
用2%石灰水或1%烧碱水溶液浸泡棉籽24小时，再用清水洗脱，即可除去大部分棉籽醇。研究表明，用5%尿素和20%水共同处理大豆粕30天的效果较好，脲酶活性降低90%。在生豆粕中加入10摩尔/升维生素C和0.5摩尔/升硫酸铜(CuS04)，在27℃下处理1小时，可使40%以上的KTI失活，在65℃下处理1小时，可使90%以上的KTI和BBI失活。用化学方法处理虽然能节省设备与能源，但缺点是化学物质的残留，影响饲料适口性，污染环境。
3.生物学方法
⑴酶制剂处理
随着科学技术和生物技术的不断发展，酶制剂越来越多的应用于饲料生产，在饲料中添加酶制剂，一方面可以使饲料中抗营养因子失活;另一方面在酶的作用下，可提高饲料的利用率。在现阶段应用最广泛的一种酶制剂是植酸酶。研究指出，植酸酶酶解菜籽饼的优化条件为温度45℃，PH4.7，反应时间90分钟，酶浓度2.4%，在上述条件下，植酸酶解率可达60%。此外，酶还能降低食糜的黏稠度，有利于鸡对淀粉和蛋白质的吸收。
⑵微生物发酵
微生物发酵法的特点:能够很好地达到去毒的效果;能对多种抗营养因子产生解毒作用;可以大量的集中加工和处理，要求的工艺设备条件很简单。
由此可见，微生物发酵法是降低蛋白酶抑制因子最可行的方法，并且，微生物发酵同样可以破坏棉籽饼粕中的棉酚。