目前南方黄鸡传喉疫苗免疫后副反应相对较重，个别鸡群甚至出现免疫后直接发病。副反应及发病率与鸡群饲养管理状况、环境变化和其它疾病感染有很大相关性。尤其是结膜炎症状较为明显，免疫鸡群出现流眼泪、结膜潮红、瞎眼等症状，发病比例可达到30%左右，大群同时伴有呼吸道症状，表现为呼噜、咳嗽、喘，伸颈呼吸，部分严重鸡只可咳出血痰。
发病原因：
1、与疫苗毒力有关，传喉疫苗毒力相对较强，副反应相对较大；
2、疫苗使用有关：部分养殖户仍存在随意加大免疫剂量，漏免，疫苗瓶随乱扔放，免疫方式或操作不当，导致副反应过大，散毒和疫苗毒力返强，造成低保护鸡只感染；
3、与免疫抑制和其它疾病感染或潜在感染有关：霉菌毒素、新城疫、温和型流感、法氏囊、球虫等免疫抑制因素和疾病存在，会放大疫苗副反应程度；
4、与饲养管理及环境因素有关：环境条件恶劣或饲养管理较差的鸡群导致的反应程度严重；
5、消毒不彻底或不注重消毒，保温控制不好，温度忽高忽低，通风不良，会加重传喉疫苗副反应；
6、免疫间隔不够或疫苗免疫过于集中，导致传喉副反应加大。部分养殖户在做完新支二联疫苗后，鸡群出现轻微呼吸道，未能有效控制，如直接做传喉疫苗，反而使疫苗副反应程度更大；
7、南方黄鸡由于多采用放养形式，老鼠、昆虫传播病原体不能有效控制，再加上种鸡群一些疾病净化不彻底，导致沙门氏菌和支原体感染相对普遍，尤其支原体存在，导致粘膜系统受损，影响免疫应答和加重免疫反应程度；
8、南方养殖数量较多，密度相对较大，不同日龄鸡群混养相对普遍，疫苗毒尤其是传喉疫苗毒二次感染现象非常普遍；
9、生物安全程度重视不够，鸡粪随便堆放，鸡贩子经常串门收鸡等也会加重疾病传播程度，疾病多重感染自然会加重疫苗反应。