抗生素使用不当的危害通常表现在以下几个方面：（1）过敏反应（变态反应）。青霉素类、磺胺类、四环素类和某些氨基糖苷类药物能使部分人群发生过敏反应，其中，以青霉素及其代谢产物引起的过敏反应最为常见，也最为严重。轻者引起皮肤瘙痒、皮炎和荨麻疹，重者引起急性血管性水肿、休克甚至死亡。（2）慢性毒性作用。如磺胺类药物能破坏人的造血系统；氯霉素可导致严重的再生障碍性贫血，婴幼儿和老年人的代谢和排泄机能尚不完善或已退化，对氯霉素最敏感，婴儿可能出现致命的“灰婴综合症”，此毒性使氯霉素成为第一个被禁止用于食品动物的抗生素。（3）细菌产生耐药性。一旦致病性强的细菌具有耐药性，且造成对人的感染，病人将不易得到治疗甚至出现无药可医的严重后果。近几年“超级细菌”的发现已经屡见不鲜。（4）破坏人体内微生物生态平衡。长期食用含有抗生素残留的动物食品，会导致人体内微生物菌群的正常平衡被打破，体内有益微生物所具有的功能消失，而有害的微生物或其他病原体就容易侵入体内，造成疾病感染。最常见的是在肠胃中的有益微生物受到抑制，发生消化功能障碍。