造成孵化率低的原因一般是由于孵化过程中温度、湿度没有控制好，受精蛋受病菌感染，或者是畸形胚胎造成的。具体有以下几种情况：
1．蛋内有血环，胚胎在1～4天死亡，种蛋存放时间过长，或贮存的温度、湿度不当；运输过程中过度震荡碰撞；入孵初期温度过高；种蛋消毒过甚；种鸡营养缺乏或失调；母源性或蛋壳带来病原微生物感染胚胎等。
2．胚胎多在孵化后2周死亡，孵化的温度过高或过低；通风不良，二氧化碳浓度高；种鸡饲料中的蛋白质、维生素、矿物质缺乏。
3．啄单孔无力将孔口扩大，临近啄壳时温度突然猛增。湿度太低，通风换气不良，种鸡饲料中维生素A 、维生素B1、维生素B2、维生素B12缺乏时，这种现象最多见。
4．气室大，胚胎死于壳内，孵化温度过高，湿度过低，种蛋营养不良。
5．胚胎多在孵化第2周死亡，种蛋存放温度较高；孵化温度过高或过低，通风不良；种鸡营养不良或失调，维生素缺乏；母源性或蛋壳带来病源性微生物感染胚胎；翻蛋次数过少或角度太小。
6.气室小，胚胎死于壳内，通气不良，有害气体过多，湿度过大。
7．气室正常，胚胎死于壳内，种鸡营养缺乏或失调。特别是维生素缺乏容易出现这种情况。甚；种鸡遗传性孵化率低。
8．入孵第1～6天死胚增多，孵化温度过高或过低；通风不良；种蛋存放时间过长，种蛋蒸熏消毒过。