在养禽业中，科学、准确、经济、有效地使用药物，防治家禽的各种疾病，是提高养殖经济效益的重要环节。
根据家禽的生理代谢特点合理选用药物：
家禽的肝脏、肾脏较发达，药物在体内代谢得较快，转化得也较快。但肾脏的肾小球体积小，毛细血管分支少，结构较简单，有效滤过压较低，滤过面积小，对以原形经过肾脏排泄的药物易在体内、血液中蓄积，对机体造成不可逆的损害，如链霉素、卡那霉素、庆大霉素、新霉素等药物，故不宜长期、高剂量使用。
家禽的肾小管分泌机能较旺盛，尿液中有90%的尿酸是通过肾小管的分泌作用而排入到肾小管的管腔内，由于尿酸盐不容易溶解，当饲料中的蛋白质含量过高或蛋白质代谢障碍，维生素A缺乏、肾脏损伤时，大量的尿酸盐沉积于肾脏、关节腔、内脏器官表面，易造成痛风。因此在治疗家禽的大肠杆菌、沙门氏杆菌、传染性法氏囊炎、传染性支气管炎等疾病时，应避免使用容易造成肾脏损伤的磺胺类和呋喃类药物。
家禽的排泄物含有大量尿酸盐呈酸性，因此应用磺胺类药时，要适当加一些碳酸氢钠，以减少乙酰化磺胺结晶对肾的损伤。因为磺胺类药的最终代谢产物是乙酰磺胺，在酸性的尿液中，容易出现结晶。
家禽体内的胆碱脂酶储备量少，对抗胆碱脂酶的药物，如敌百虫、敌敌畏等有机磷驱虫药物非常敏感，易造成中毒，因此在家禽饲养场使用这类药物时应特别注意，避免家禽接触到这类药物。
家禽体内缺乏羟化酶，不宜使用中枢神经兴奋药和镇静药。如樟脑、士的宁等中枢神经兴奋药和巴比妥类镇静药。因为这类药物在体内转化困难，家禽使用这类药物后会出现持久性的中枢神经兴奋或抑制作用。
家禽血液内血浆蛋白的含量低，有些家禽又没有鼻腺，其氯化钠的排出全靠肾脏完成，所以家禽对氯化钠较敏感，易发生食盐中毒。饲料中的氯化钠含量超过0.5%时，就会出现不良反应，甚至中毒。因此在饲料中添加氯化钠时，要严格控制剂量。
由于家禽体内缺乏形成尿素的酶，当家禽体内尿酸盐沉积、饲料中缺乏维生素A或因患某些疾病时，均可引起痛风。此时，可使用阿司匹林、丙磺舒、碳酸氢钠等药物，来促进尿酸盐的排泄；缓解、改善尿酸盐的沉积症状。
家禽对热十分敏感，容易发生热应激，因为家禽无汗腺，羽毛又十分丰富，散热功能差，在炎热的夏季应适时补充碳酸氢钠、氯化钠、氯化钾、VC等抗热应激的药物，缓解症状。同时要控制环境温度、湿度和加强通风。
根据家禽消化系统的生理结构特点合理用药：
家禽的口腔构造简单，没有牙齿，舌的味觉机能很差，对苦味的健胃药，如（龙胆末）不能起到反射性的健胃作用。对咸味无鉴别能力，故配制饲料时应该严格控制食盐的给量，以免引起食盐中毒。
家禽有嗉囊（或食管膨大部），有暂时储存食物的作用。一旦发生中毒，不能用催吐剂，因家禽无逆呕机能，催吐剂没有效果。
家禽的消化道较短，消化道内呈酸性环境，使用呋喃类药物时，呋喃类药在酸性环境中，药物的效力和毒力同时增强，在使用时应严格控制剂量和时间，防止药物中毒。家禽可以口服青霉素，因为青霉素在PH6.5的溶液中药性最稳定。而家禽的胆汁呈酸性，与胃液一起中和了碱性的胰液和小肠液，使肠内的pH值保持在6.0左右，口服青霉素，可使青霉素保持稳定的药性，疗效较好。
家禽对磺胺类药的吸收率较高，故不能大剂量和较长时间使用。不宜用磺胺类药物做添加剂长期使用，防止药物中毒和不良反应。
根据呼吸系统的生理特点合理选用药物：
从肺脏重量和体重的比值来看，家禽的肺脏要比哺乳动物大，家禽呼吸系统有气囊，在呼气和吸气时，均能进行气体交换，可以增加肺脏的通气量。家禽的呼吸系统的特点可以增大药物的扩散面积，增加药物的吸收量。在气雾用药时，药物即可在呼吸道内发挥局部作用，也可由呼吸膜快速吸收，产生全身效应。故可喷雾治疗鸡白痢、禽霍乱、大肠杆菌等疾病。
慢性呼吸道病是由支原体引起的呼吸道病，临床主要以气喘、呼吸困难为主，发病率高，死亡率低，也易于控制。治疗效果较佳的有泰乐菌素（现基本用于肉鸡）、支原净、替米考星、阿奇霉素、强力霉素、林可霉素、氧氟沙星、沙拉沙星等。有时联合用药效果较好，如强力霉素+环丙沙星。西药加中药也是目前较普遍的配伍用药方式，如在西药中加安茶碱、麻黄等扩张气管药，能起到显明缓解呼吸困难的作用。
保证有效浓度和疗程首次用量可适当增加，随后几天用维持量，一般用药疗程为3天~5天，停药过早易导致复发。长时间使用抗生素会使细菌产生耐药性或造成药物中毒。用药前测量家禽体重、计算采食量和准确称重药品。通过饮水或饲料投放药物时应注意，药物要拌均匀，不溶解于水的药物不能饮水给药，否则沉淀，容易造成中毒。饮水给药要考虑药物的溶解度和禽只的饮水量，饮用水必须清洁、中性，在水中溶解度低的药物以拌料为宜，拌料给药时就应遵循“由少至多，逐渐拌均匀”的原则，否则搅拌不均匀易引起中毒或影响疗效，饮水量与气温有关，夏天给水用药时应降低药物浓度，约为拌料量的一半。